Vyplývá to z prognóz, které zpracovala Jihočeská hospodářská komora. Komora přitom odhaduje, že celkové škody v kraji se budou blížit 10 miliardám korun, to znamená, že škody v podnikatelské sféře činí téměř polovinu z této částky. Ze zprávy JHK dále vyplývá, že rozdělení škod v podnikatelské sféře je následující: majetkové 1,2 miliardy, ušlý zisk 1,4 miliardy a náklady na zábranu škod 500 miliónů korun.

Těžko se přitom dá dnes vyjádřit celková ztráta trhu, protože jde v mnoha případech o nenávratné škody, kdy podíl na trhu danému podniku přebere konkurence a podobně. Podle JHK se povodně nijak dramaticky neprojeví na nezaměstnanosti v kraji, ovšem její růst lze očekávat v některých mikroregionech, například na Písecku. Komora přitom usuzuje, že ztráty na majetku zaznamenalo v Jihočeském kraji asi 1000 firem, z toho několik desítek velkých (nad 250 zaměstnanců). Mezi nejvíce poškozené pak patří podle šetření JHK například Jitex Písek (350 miliónů), Bohemai Table Top (sklárna v Husinci - 100 miliónů), Výstaviště České Budějovice (150 miliónů) a Pivovar Eggenberg (180 miliónů).